長庚大學為了實施推動培育跨學科人才的教育目標，於民國91年分別成立「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」。由於人口快速老齡化導致居家護理相關產業快速發展，及發展精準醫療技術及設備所需相關技能日益精密與複雜化，使得生物醫學工程領域相關學習的學生人數不斷增加。為了有效地整合與共享資源，培育具有工程科學背景的生物醫學工程師，具備可以整合工程學與生命科學相關知識，有效運用於解決臨床醫學中的問題或提高醫療效率，從而提高患者的生活質量的能力。長庚大學於107年8月合併了「生化與生醫工程研究所」與「醫療機電工程研究所」，成立「生物醫學工程研究所」，並在111年8月成立大學部「生物醫學工程學系」。

        本系致力於建構以工程學及基礎生物學為重點，培養具有獨立思考及解決臨床醫療導向問題能力的醫工人才的教育目標之下，長庚大學醫工系有別一般醫工系的教學特色，除一般基礎學理課程外，課程的特色之一為結合企業資源，藉由長庚醫院臨床醫師引領至長庚醫院實地見習．由臨床醫師講述臨床經驗觀察，對於醫療器材在各科別的應用情形與期望改進效能之處，讓學生更深刻體會醫工人橋樑角色的重要性及瞭解所需具備的技能。另外，邀請曾經參與「台灣-史丹福醫療器材產品設計之人才培訓計畫」(Stanford-Taiwan Biomedical Fellowship Program)的專家，開設醫材設計開發相關課程，從醫療產品設計到如何商業化運用，讓學生明白學以致用的可能性與潛力．可做為畢業後從事醫療器材產業創新創業的基石．同時，在企業資源整合共享的理念之下，長庚醫工系的專任教師皆為醫院的合聘研究員，與長庚醫院醫師都有長期合作研究計畫，學生在協助計畫執行或討論過程中，也可以學習到如何在工程與生命科學不同專科語言間進行有效溝通，。

  本系除了自有設備外，長庚大學醫工系與大學內其他研究中心如人工智慧中心和生物醫學工程中心等均可共享研究資源，以從事生醫信號和影像、生醫材料和感測以及生物機電和力學等相關研究。誠摯歡迎有興趣從事生物醫學工程研究的學生加入長庚大學生物醫學工程學系。